99號部長指令是吉爾斯在2023年1月發出，要求決策者和行政事務上訴審裁處，在考慮取消一些外籍人士的澳洲簽證時，將相關人士與澳洲社區聯繫的「強度、時長和性質」作為首要考慮因素。
該指令是因應和新西蘭政府的磋商而作出。當時有一些有犯罪紀錄的新西蘭公民被澳洲政府驅逐出境，但他們人生的大部份時間都是在澳洲度過。
而新指令下，決策者和審裁處在考慮取消簽證的時候，將有5個優先考慮因素，按次序分別是：
- 保護澳洲社區安全免受犯罪及嚴重行為
- 相關人士的行為是否構成家庭暴力
- 相關人士和澳洲社區的聯繫
- 相關人士在澳洲的未成年子女的利益
- 取消簽證是否符合社會期望
另外，舊指令中提到，對於人生大部份時間都是在澳洲度過的非公民，澳洲將會對他們的犯罪或嚴重行為有較高程度的容忍度。當中的「將會」（will），被修改為「可能」（may）。
吉爾斯表示，今次改革他優先考慮的是澳洲的利益，他已和新西蘭副總理彼得斯（Winston Peters）溝通，告知對方保護澳洲社區是至關重要。
新西蘭總理陸杰鋒（Christopher Luxon）回應時表示遺憾：「我認為，和新西蘭社區很少或毫無聯繫的人士不應被遣返。」但他承認這是澳洲的內政。
反對黨領袖達頓（Peter Dutton）表示，99號指令讓澳洲變得「更不安全」，而新指令並沒帶來太大改變，仍然有機會允許一些犯罪分子留在這個國家，但他們本應被驅逐出境。
內政事務發言人帕特森（James Paterson）表示，「和澳洲社區的聯繫」這個因素應該被降級，而不是繼續保留在優先考慮因素中。他呼籲工黨完全恢復到兩黨聯盟政府時期的指令，將社區聯繫列為「次要考慮」。
據報，在99號部長指令下，過去一年多已經有約30名有刑事案底的非公民，在被取消簽證之後，以社區聯繫為由，透過行政事務上訴審裁處恢復簽證，其中包括一名已被定罪的連環強姦犯、一名被控謀殺的疑犯以及另外一名性罪犯。
但工黨政府表示，審裁處在詮譯部長指令並作出的決定，並不符合政府的本意。吉爾斯透露，他已經重新取消了約40個簽證。他希望新的指令能夠給予審裁處更為清晰的引導。
40多個法律和公民團體以及人權組織表達關注，包括人權法律中心、尋求庇護者資源中心，以及在取消簽證案件中代表非公民的法律團體。
他們發表一份聲明表示，對99號部長指示被政治化進行辯論的情況感到擔憂，並表示，審裁處有需要保留酌情權，以考慮每個個案的複雜性。
聲明寫道：「澳洲每個人，無論背景或簽證狀況如何，都應該在法律面前受到平等對待，並且在他們受到影響終生的決定之前，獲得充分、獨立考慮他們情況的機會。」
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