Djokovic, que regresa en Melbourne en el puesto número 14 del ranking tras haber pasado seis meses apartado de las canchas por una lesión en el codo, infligió su 15ª derrota en otros tantos partidos al francés, actualmente 39º del mundo.
Monfils se quejó al árbitro de las condiciones "inhumanas" en la Rod Laver Arena, pero los organizadores no cerraron el techo.
"Hoy hemos sufrido los dos. Fueron condiciones muy duras, sobre todo durante las primeras dos horas y media. Sabía que sería un desafío porque Gaël es uno de los mejores atletas del circuito, sino el mejor", dijo Djokovic.
Source: AP-Vincent Thian
Su rival en la tercera ronda será el español Albert Ramos, 22º del mundo, que ganó al estadounidense Tim Smyckez en tres sets corridos, 6-4, 6-2, 7-6 (7/2).
Como Djokovic, el argentino Juan Martín del Potro, 12º cabeza de serie, también necesitó cuatro sets para deshacerse del ruso Karen Khachanov por 6-4, 7-6 (7/4), 6-7 (0/7), 6-4.
La "torre" de Tandil se enfrentará en la próxima vuelta al checo Tomas Berdych (N.19), que se impuso al español Guillermo García López por 6-3, 2-6, 6-2, 6-3.
Abierto de Australia - Individual masculino - Segunda ronda:
Dominic Thiem (AUT/N.5) derrotó a Denis Kudla (USA) 6-7 (6/8), 3-6, 6-3, 6-2, 6-3
Adrian Mannarino (FRA/N.26) a Jirí Veselý (CZE) 6-3, 7-6 (7/4), 5-7, 6-3
Novak Djokovic (SRB/N.14) a Gael Monfils (FRA) 4-6, 6-3, 6-1, 6-3
Albert Ramos (ESP/N.21) a Tim Smyczek (USA) 6-4, 6-2, 7-6 (7/2)
Hyeon Chung (KOR) a Daniil Medvedev (RUS) 7-6 (7/4), 6-1, 6-1
Julien Benneteau (FRA) a David Goffin (BEL/N.7) 1-6, 7-6 (7/5), 6-1, 7-6 (7/4)
Márton Fucsovics (HUN) a Sam Querrey (USA/N.13) 6-4, 7-6 (8/6), 4-6, 6-2
Nicolás Kicker (ARG) a Lukáš Lacko (SVK) 6-2, 7-5, 1-6, 7-5
Tomas Berdych (CZE/N.19) a Guillermo García-López (ESP) 6-3, 2-6, 6-2, 6-3
Juan Martín Del Potro (ARG/N.12) a Karen Khachanov (RUS) 6-4, 7-6 (7/4), 6-7 (0/7), 6-4
Fabio Fognini (ITA/N.25) a Evgeny Donskoy (RUS) 2-6, 6-3, 6-4, 6-1